Μουλιάζουμε το φαγόπυρο για 12 ώρες και βράζουμε για 20 λεπτά. Εντωμεταξύ σωτάρουμε τα μανιτάρια στο ελαιόλαδο σε μέτρια θερμοκρασία για 3 λεπτά.
Προσθέτουμε το σκόρδο και το κρεμμύδι, σωτάρουμε για λίγο ακόμα και κατόπιν ρίχνουμε τα τοματίνια και μαγειρεύουμε για ακόμα 3 λεπτά.
Προσθέτουμε το φαγόπυρο και συνεχίζουμε το μαγείρεμα για άλλα 3 λεπτά. Ραντίζουμε με το χυμό λεμονιού και αλατοπιπερώνουμε. Ανακατεύουμε καλά και γεμίζουμε με το μείγμα αυτό τις πιπεριές.
Τις σκεπάζουμε με αλουμινόχαρτο και τις ψήνουμε στο φούρνο για 25-30 λεπτά μέχρι να μαλακώσουν. Σε ένα μικρό μπωλ ανακατεύουμε το γιαούρτι με το μαϊντανό. Γαρνίρουμε τις πιπεριές με τον άνηθο και σερβίρουμε μαζί με το γιαούρτι.